自治区水土保持局主要职责：

负责编制全区水土保持生态环境建设规划、流域水土保持规划、重点水土保持项目规划；拟订技术标准并监督实施；负责审核区内开发建设项目水土保持方案并监督实施；负责水土流失监测管理工作，组织水土流失监测、预报并定期公告；负责自治区水土流失重点防治区管理工作，指导并监督自治区重点水土保持建设项目的实施；开展水土保持示范、推广、技术培训及宣传工作。承办自治区水利厅交办的其他工作。

自治区水土保持局规格为正县级，内设办公室、区水土保持规划勘测设计研究院、生态建设管理科、预防监督科、区水土保持生态环境监测总站等5个机构。事业编制55名，其中：县级领导职数4名，内设机构科级领导职数10名。