西藏自治区水土保持局前身为西藏自治区水利技术服务总站，2004年8月，经自治区机构编制委员会批准，成立西藏自治区水土保持局，为自治区水利厅下属的县级差额拨款事业单位，与自治区水利技术服务总站实行一个机构两块牌子，编制65人。

2011年1月，西藏自治区机构编制委员会《关于西藏自治区水利厅所属事业单位机构编制批复》（藏机编发[2011]17号）文，将西藏自治区水土保持局（自治区水利技术服务总站）调整为西藏自治区水土保持局（正县级），自治区水利技术服务总站职能划入自治区防汛机动抢险队。内设5个（正科级）：办公室、生态建设管理科、预防监督科、区水土保持生态环境监测总站、区水土保持规划勘测设计研究所，事业编制55名。

2011年9月，根据水土保持局职能的转变，我局上报了部分人员参照公务员管理的报告，在水利厅的大力支持和关怀下，关于印发自治区本级行政机关第三批参照公务员法管理事业单位名单的通知（藏人社厅发[2013]74号）文，2013年西藏自治区人力资源和社会保障厅  西藏自治区公务员局同意了水土保持局部分人员参照公务员管理，参公编制最终确定为27人、事业编制为28名。